Il 17 maggio 2008 si è assistito a Savona ad uno degli eventi più significativi della storia recente della Diocesi, la visita di Papa Benedetto XVI.Fortemente voluta dal precedente Vescovo, Mons. Domenico Calcagno, cha aveva a suo tempo invitato l’allora Pontefice Giovanni Paolo II, la visita ha potuto finalmente concretizzarsi e ha avuto inizio proprio dal Santuario di N. S. di Misericordia.Nonostante il maltempo, l’elicottero papale è atterrato alle 16,55 nel piazzale dove si trova la casa natale del beato Antonio Botta, e dove il Santo Padre ha ricevuto il saluto delle Autorità religiose, il Vescovo di Savona-Noli monsignor Vittorio Lupi e il Nunzio Apostolico in Italia Monsignor Giuseppe Bertello, e politiche, tra cui il rappresentante del Governo, Ministro Claudio Scajola, il Sindaco di Savona Federico Berruti, il Presidente della Regione Claudio Burlando e il Presidente della Provincia Marco Bertolotto.

Con la papa mobile Benedetto XVI ha poi guadagnato il sagrato del Santuario, accolto dai bambini della scuola elementare e dagli anziani della Residenza Protetta presente a fianco della basilica.Ad attendere il Santo Padre sulla soglia vi erano diverse autorità del Santuario, tra cui il Presidente delle Opere Sociali N.S. di Misericordia, Donatella Ramello, il Vicepresidente Giorgio Calabria, il Vicario Generale della Diocesi di Savona-Noli Mons. Andrea Giusto e il Rettore del Santuario Don Domenico Venturetti; inoltre, Benedetto XVI ha ricevuto il saluto anche delle Monache Carmelitane del Monastero savonese di Santa Teresa, che vista l’importanza dell’evento hanno potuto uscire dalla clausura, e del Collegium musicum Sancti Sebastiani Gameraniensis che per l’occasione ha eseguito l’Ave Maria gregoriana.

Il Papa si è poi ritirato in adorazione del Santissimo Sacramento, ed è successivamente sceso nella cripta: qui ha sostato in silenziosa preghiera davanti alla Statua della Madonna e ha deposto sull’altare la “rosa d’oro” (prestigiosa onorificenza in passato dono per i sovrani), baciando poi l’effigie di Maria. Dopo aver firmato il registro dei visitatori, il Santo Padre è uscito sul sagrato dal quale ha salutato benedicente la folla, per poi avviarsi in papa mobile verso Piazza del Popolo per celebrare la Solenne Messa.La visita a Savona è quindi proseguita negli appartamenti di Pio VII in Vescovado e poi nella Cattedrale N. S. Assunta, per concludersi infine con i saluti della cittadinanza e delle Autorità in Darsena, dove l’elicottero attendeva pronto per portare il Pontefice a Genova. A celebrazione e ricordo della storica occasione, una lapide, che sarà murata nel Santuario di Nostra Signora di Misericordia, e la rosa d’oro, collocata nella cripta.